Ministerstvo zemědělství k článku Českého rozhlasu o dotacích na pojištění: Zemědělské podniky čerpaly dotace v dobré víře a v souladu s tehdejšími pravidly
Vyjádření Ministerstva zemědělství (MZe) k článku Českého rozhlasu ze dne 22. září 2026 „Dotace byly pro malé, ale čerpali je i velcí. Šebestyán nařídil analýzu, podle níž chyboval stát, a ne podniky.“ MZe v tomto směru zastává jednoznačný názor: zemědělské podniky čerpaly dotace od Podpůrného a garančního rolnického a lesnického fondu (PGRLF) v dobré víře a v souladu s platnými pravidly. Podniky v době podání žádosti postupovaly dle podmínek nastavených pravidly PGRLF a v žádostech nezatajovaly žádné skutečnosti. Situaci nelze nyní s odstupem času zjednodušeně interpretovat tak, že podpory byly účelově zneužívány žadateli.
Zemědělské společnosti v době podání žádosti mezi lety 2015 až 2018 postupovaly přesně dle tehdy platných podmínek PGRLF a doporučení a nezatajovaly žádné skutečnosti, například o své struktuře. Nešlo tedy o vědomé nebo účelové zneužití programu. Podpora byla příjemcům poskytována jako dotace prostřednictvím programu Finanční podpora pojištění, která směřuje na škody způsobené přírodními pohromami na plodinách nebo hospodářských zvířatech.
Příjemci dotací v době poskytnutí dotace splňovali veškeré předpoklady pro malé a střední podniky, a tudíž měli na příspěvek na pojištění nárok. Fond přitom vycházel z Nařízení EK, podle kterého: „V případech, kdy podnik ke dni účetní závěrky zjistí, že počet jeho zaměstnanců za dané roční období překročil v jednom či druhém směru prahy pro počet pracovníků nebo finanční prahy uvedené v článku 2, nepovede tato skutečnost ke ztrátě či získání postavení středního nebo malého podniku či mikropodniku, jestliže tyto prahy nejsou překročeny po dobu dvou po sobě jdoucích účetních období.“
PGRLF ani MZe proto nepovažovaly za velké podniky příjemce, kteří se stali velkými podniky v důsledku následné fúze nebo akvizice, k níž došlo méně než dva roky před poskytnutím podpory. Právní úprava totiž neobsahovala žádnou výslovnou výjimku, podle které by se pravidlo dvouletého přechodného období nepoužilo v případech změny vlastnictví. PGRLF tak při poskytování podpor vycházel striktně ze závazného Nařízení EK.
„Kauza se týká výkladu pravidla dvouletého přechodného období, se kterým dlouhodobě pracovaly PGRLF i Ministerstvo zemědělství. Tento výklad se totiž lišil od právního názoru, který následně zaujala Evropská komise. K poskytnutí podpory tedy nedošlo v důsledku pochybení či nepoctivosti podniků, které o podporu žádaly. Dotčené velké podniky postupovaly podle tehdy platných pravidel a závazných právních předpisů. Negativní důsledky nicméně dopadly právě na velké podniky, kterým byly podpory později odebrány a vymáhány zpět,“ řekl ministr zemědělství Martin Šebestyán.
V roce 2021 totiž zahájila Evropská komise (EK) šetření postupu PGRLF při kategorizaci podniků, právě v případě fúzí a akvizic. PGRLF v průběhu šetření opakovaně a detailně vysvětlil, že jeho postup byl v souladu se závaznými předpisy EU. Rozhodnutím ze dne 29. července 2025 však Komise své šetření uzavřela s tím, že se dvouleté přechodné období v těchto případech neuplatní, což se týkalo i podpor poskytnutých před 1. srpnem 2018. Neoprávněně vyplacená podpora byla vyčíslena na necelých 7,2 milionu korun, z pohledu dotčených podniků jde tedy primárně o princip.
„Stát se dotčených příjemců bohužel dostatečně nezastal. Proti rozhodnutí Evropské komise nebyla podána žaloba a stát nevyužil dostupné prostředky k obraně, přestože šlo o české společnosti podnikající v zemědělském sektoru, který je významně závislý na dotacích a podporách a jehož stabilita je pro nás dlouhodobě důležitá,“ upřesnil k rozdílnému postoji ministr Šebestyán.
Rozhodnutí Evropské komise je závazné a PGRLF, i přesto že s tímto výkladem nesouhlasí, postupuje v jeho souladu. Dvouleté přechodné období se tedy uplatňuje pouze v případě, kdy nedojde k trvalé změně struktury nebo vlastnictví podniku. Česká republika měla v tomto řízení využít všechny možnosti a vydanému rozhodnutí Evropské komise se bránit i žalobou.
„Cílem právní analýzy, kterou jsem v této věci nechal zpracovat, je nezávislá identifikace relevantních okolností, které zapříčinily neoprávněného čerpání podpory tak, aby bylo do budoucna možné se vzniku obdobné situace vyvarovat,“ uvedl ministr Šebestyán.
Záměrem MZe bylo zpětně zmapovat časový harmonogram, proces nastavení podmínek pro žadatele i postup žadatelů a následnou kontrolu Evropské komise s výsledným výkladem, z jehož popudu musely podniky, jejichž velikost z důvodu fúze nebo akvizice vzrostla, následně podpory vracet.
Tzv. přechodné období, které trvá dva roky, je lhůta, kdy se z malého podniku stane velký. Lhůta znamená, že podnik, který se z malého stane velkým (např. fůzí nebo akvizicí další firmy), se po dobu dvou let považuje ještě stále za malý, přestože jeho obrat už tuto hranici překročil. Přechodné období má po dobu dvou let firmu ochránit, kdyby se jí po změně velikosti v podnikání nedařilo tak, jak se očekává od velkého podniku nebo by případně hodnoty pro malé a velké podniky byly překročeny jen dočasně.
Malé a střední podniky jsou ty, které zaměstnávají méně než 250 osob a jejich roční obrat nepřesahuje 50 miliónů eur či jejichž bilanční suma roční rozvahy nepřesahuje 43 miliónů eur.
Marek Otava
zástupce tiskového mluvčího
Ministerstvo zemědělství