Zemědělství a životní prostředí jsou spolu neoddělitelně provázány. Zemědělská hospodářství bývají označována jako „polopřirozené ekosystémy“. Na jedné straně má zemědělství produkční funkci a to v závislosti na přírodních zdrojích a jejich kvalitě. Na straně druhé zemědělství je historicky nedílnou součástí krajiny, spoluvytváří její ráz a přispívá k vytváření biologické diversity.
V některých případech lze konstatovat, že obhodpodařovaná krajina, jakožto stanoviště určitých druhů, může být udržena pouze tehdy, jestliže bude zajištěno pokračování environmentálně příznivého způsobu obhospodařování zemědělské půdy. Význam zemědělství jako velkého ovlivňovatele životního prostředí lze doložit také rozlohou obhospodařované půdy, která v EU zabírá 50% zemědělské půdy a 28% půdy zalesněné.
Orná půda byla v minulosti kvůli používání větší a větší mechanizace zcelována do velkých půdních celků a obhospodařována bez ohledu na sklonitost a svažitost pozemků. Způsob pěstování plodin (monokultury) a obdělávání půdy (orba po směru svahu, dlouhé svahy) nerespektoval zásady protierozní ochrany. Kvůli snižování úrodnosti půd bylo do půdy dodáváno velké množství průmyslových hnojiv, které nemohly pěstované plodiny využít. Tyto látky pak byly spolu s půdními částicemi transportovány do vodních toků a nádrží tam způsobovaly a stále způsobují eutrofizaci vody.
Ochrana vody, půdy a krajiny, péče o životní prostředí a dopady klimatické změny, využívání obnovitelných zdrojů energií či ekologické postupy v hospodaření jsou současné výzvy zemědělství.