ÚKZÚZ provádí rostlinolékařskou (fytosanitární) certifikaci vývozu a rostlinolékařskou dovozní kontrolu
Dovozní a vývozní postupy se provádí pouze ve vztahu k obchodu s třetími zeměmi - tedy mimo členské země EU s a Švýcarska.
Dovozní kontrola se vztahuje ke zboží a certifikátům z třetích zemí a probíhá podle legislativy EU.
Vývozní certifikace z ČR se vztahuje k rostlinám vypěstovaným v ČR a probíhá podle požadavků legislativy cílové destinace.
Pro rostliny vypěstované v ČR, které jsou předmětem obchodu mezi členskými státy EU s následným potenciálem k vývozu do třetích zemi se uplatňují pravidla pro předvývozní osvědčení. Ta slouží k vnitřní komunikaci mezi úřady států EU.
Rostliny, rostlinné produkty a ostatní zboží s rizikem přenosu karanténních škůdců v mezinárodním obchodu jsou předmětem úmluvy International Plant Protection Convention (IPPC). Postupy monitoringu území, přijímání opatření, vyhlašování požadavků, šetření zásilek a komunikace mezi fytosanitárními úřady jsou vymezeny mezinárodními standardy ISPM.
Rostlinolékařské osvědčení (Phytosanitary Certificate) je dle IPPC stanoveno jako standardizované sdělení úředního fytosanitárního orgánu vyvážející země úřednímu fytosanitárnímu orgánu dovážející země. Obsah rostlinolékařských osvědčení je tak omezen na informace původu a zdravotního stavu komodit/rostlin. Rostlinolékařská osvědčení se nevydávají na základě požadavků obchodníka ale podle oficiálních dovozních požadavků cílové země. Jiné informace tak nelze v rostlinolékařském osvědčení očekávat ani požadovat.