Zákon o vodách
Metodický pokyn odboru ochrany vod Ministerstva životního prostředí a odboru vodohospodářské politiky Ministerstva zemědělství pro monitorování vod podle § 21 odst. 4 zákona č. 254/2001 Sb., o vodách a o změně některých zákonů (vodní zákon).
Společný metodický pokyn Ministerstva životního prostředí a Ministerstva zemědělství k zabezpečení plnění programu snížení znečištění povrchových vod vhodných pro život a reprodukci původních druhů ryb a dalších vodních živočichů.
Společný metodický pokyn Ministerstva životního prostředí a Ministerstva zemědělství ke společnému postupu orgánů ochrany přírody a správců vodních toků při činnostech souvisejících se správou vodních toků mimo zvláště chráněná území, Evropsky významné lokality a ptačí oblasti.
Metodický pokyn pro zveřejňování informací o plánování v oblasti vod na Portálu veřejné správy.
Metodický pokyn k zadávání fotogrammetrických činností pro potřeby vymezování záplavových území v souvislosti s aplikací ustanovení § 66 odst. 1 zákona č. 254/2001 Sb., o vodách a o změně některých zákonů (vodní zákon), ve znění pozdějších předpisů, a vyhlášky č. 236/2002 Sb., o způsobu a rozsahu zpracování návrhu a stanovování záplavových území.
Metodický pokyn k postupu státních podniků Povodí při poskytování náhrad za omezení užívání nemovitostí v ochranných pásmech vodních zdrojů dle § 30 odst. 9 zákona č. 254/2001 Sb., o vodách a o změně některých zákonů (vodní zákon), ve znění pozdějších předpisů.
Metodický pokyn pro předkládání dokladů při nakládání s majetkem státu, tj. pozemky, stavbami a jejich příslušenstvím, se kterým je Zemědělská vodohospodářská správa příslušná hospodařit.
Metodický pokyn k provádění vodoprávního dozoru vodoprávních úřadů ve věcech v působnosti Ministerstva zemědělství.
Metodický pokyn pro posuzování žádostí o vyjímku z ustanovení § 39 odst. 1 zákona č. 254/2001 Sb., o vodách a o změně některých zákonů (vodní zákon), ve znění pozdějších předpisů pro použití závadných látek ke krmení ryb [§ 39 odst. 7 písm. b) vodního zákona] a k úpravě povrchových vod na nádržích určených pro chov ryb [§ 39 odst. 7 písm. d. vodního zákona].