Ústřední vodoprávní úřad
Centrální úroveň státní správy na úseku vodního hospodářství je založena na modelu tzv. sdílených kompetencí mezi čtyřmi ministerstvy.
Působnost Ministerstva zemědělství jako ústředního vodoprávního úřadu je vodním zákonem stanovena jako zbytková a to pro všechny oblasti státní správy, u kterých není působnost ústředního vodoprávního úřadu taxativně stanovena pro Ministerstvo životního prostředí (např. ochrana množství a jakosti vod, zjišťování a hodnocení stavu vod, zneškodňování havárií, plnění úkolů ze vztahu k EU v oblasti ochrany vod apod.), Ministerstvo dopravy (užívání povrchových vod k plavbě) nebo Ministerstvo obrany (působnost ve věcech, v nichž je založena působnost újezdních úřadů na území vojenských újezdů). V rámci Ministerstva zemědělství existuje sekce vodního hospodářství, která je řízena náměstkem ministra. Sekce vodního hospodářství je dále členěna dle věcného zaměření do pěti odborů: státní správy ve vodním hospodářství a správy povodí, vodohospodářské politiky a protipovodňových opatření, vodovodů a kanalizací, vody v krajině a odstraňování povodňových škod a odboru dozoru a regulace vodárenství.