První plánovací období
Pro první plánovací období se v letech 2004 až 2009 zpracovaly plány povodí, které vstoupily v platnost ke dni 22. 12. 2009. Do 22. 12. 2012 se zaváděly schválené programy opatření ke splněné stanovených cílů do 22. 12. 2015.
Pro první plánovací období (2009–2015) byly zpracovány a přijaty plány povodí v následujících úrovních:
- Plán hlavních povodí České republiky (schválen usnesení vlády č. 562 (pdf, 126 kB)ze dne 23. května 2007 a jeho závazné části byly vyhlášeny nařízením vlády č. 262/2007 Sb.), který představoval dlouhodobou koncepci oblasti vod. Integroval záměry a cíle resortních politik ústředních vodoprávních úřadů, zejména Koncepce vodohospodářské politiky Ministerstva zemědělství pro období po vstupu do Evropské unie na léta 2004–2010 a Státní politiky životního prostředí 2004–2010, a stal se základním podkladem pro zpracování plánů oblastí povodí,
- Plány oblastí povodí (povodí Horního a středního Labe, povodí Horní Vltavy, povodí Berounky, povodí Dolní Vltavy, povodí Ohře a Dolního Labe, povodí Odry, povodí Moravy a povodí Dyje), které byly koncepčními dokumenty, jež shrnuly informace o současném stavu vodních útvarů v oblastech povodí a stanovily konkrétní cíle zaměřené na dosažení dobrého stavu vodního prostředí, prevenci zhoršování stavu vodního prostředí, podporu udržitelného využívání vod, snížení vlivů extrémních průtokových stavů (povodní a sucha) a navrhovaly opatření k jejich zajištění do roku 2015. Příslušné plány oblastí povodí byly do konce roku 2009 schváleny zastupitelstvy jednotlivých krajů.
Plány oblastí povodí naplňovaly požadovanou základní úroveň zpracování plánů povodí podle Směrnice Evropského parlamentu a Rady 2000/60/ES ze dne 23. října 2000, kterou se stanoví rámec pro činnost Společenství v oblasti vodní politiky. Byly z nich sestaveny souhrnné Plány národních částí mezinárodních oblastí povodí Labe, Odry a Dunaje a ty byly vkladem České republiky do Plánů mezinárodních oblastí povodí Labe, Odry a Dunaje.